Fauna Ibérica III se presentó en la convocatoria de 1992 en el marco del Programa Sectorial de Promoción General del Conocimiento y fue aprobado por la DGICYT (Ministerio de Educación y Ciencia) en 1993 (PB92-0121) con una duración de tres años. Los objetivos de este proyecto eran continuar los estudios sobre los grupos taxonómicos ya iniciados en fases anteriores y ampliar dichos estudios a otros grupos.

De acuerdo a la dinámica de funcionamiento del programa 'Fauna Ibérica', en esta tercera fase se continuaron los estudios taxonómicos sobre los grupos animales ya iniciados en los proyectos 'Fauna Iberica I' y 'Fauna Iberica II' y se abordó el estudio de nuevos grupos con la consiguiente incorporación de nuevos investigadores.

Asimismo, se inicia el diseño de un banco de datos con información zoológica producida por el proyecto: bases de datos corológicas, archivos de imágenes, video, acústicos..., gestionado de manera relacional. A este respecto, se realizó un programa de piloto de demostración, utilizando una parte de la información e iconografía disponible sobre un grupo zoológico.

Durante este periodo se publicaron los siguientes Volumenes: