El proyecto Fauna Ibérica se presentó por primera vez en la convocatoria de 1987 en el marco del Programa Sectorial de Promoción General del Conocimiento y fue aprobado por la Dirección General de Investigación Científica y Técnica (DGICYT. Ministerio de Educación y Ciencia) en 1988 (PB87-0397) con una duración de dos años. El principal objetivo de este proyecto era precisar la definición de objetivos, diseñar la estrategia a seguir, a la vez que iniciar las investigaciones taxonómicas.

En esta primera fase del programa 'Fauna Ibérica' participaron 63 investigadores que iniciaron el estudio de 32 grupos taxonómicos.

Asimismo, se establecieron las características de la serie 'Fauna Ibérica' , resultado de la investigación de la diversidad zoológica íbero-balear. Para ello, se elaboró una guía para los autores, las normas para la presentación de manuscritos y las normas de nomenclatura que orientan las investigaciones dentro del proyecto así como la redacción de los correspondientes manuscritos. También se redactó el volúmen 0 de la serie que ofrece una idea básica de lo que el comité editorial, contando con el apoyo de los asesores científicos, estimaba que debía ser la estructura básica de cada monografía. Este volúmen permitió dar a conocer el proyecto 'Fauna Ibérica' y su obra a instituciones públicas, a la comunidad científica y a otros particulares interesados.

Durante este primer proyecto se efectuaron campañas de muestreo de fauna continental y la campaña oceanográfica Fauna I.