Fauna Ibérica II se presentó en la convocatoria de 1989 en el marco del Programa Sectorial de Promoción General del Conocimiento y fue aprobado por la DGICYT (Ministerio de Educación y Ciencia) en noviembre de 1990 (PB89-0081) con una duración de tres años. Los objetivos de este proyecto eran continuar los estudios sobre los grupos taxonómicos ya iniciados en la fase anterior, y ampliar dichos estudios a otros grupos.

En esta segunda fase del programa 'Fauna Ibérica' se amplió el equipo de investigadores participantes para abordar el estudio de nuevas familias y órdenes en los grupos taxonómicos ya iniciados e iniciar el estudio de nuevos grupos. En este proyecto se ampliaba el número de monografías de la serie 'Fauna Ibérica' a 49 volúmenes.

Asimismo, se redactaron y discutieron unas normas de nomenclatura para proporcionar a los autores instrucciones y recomendaciones dirigidas a unificar criterios nomenclaturales, de acuerdo a la normativa del Código Internacional de Nomenclatura Zoológica (ICZN, 1985).

Durante este periodo se publicaron el volúmen 1: Mollusca Cephalopoda del Dr. Angel Guerra y el volúmen 2 : Coleoptera Anobiidae del Prof. Francisco Español.

Se continuaron las campañas de muestreo. En ecosistemas continentales se ha seguido dando prioridad a las campañas específicas diseñadas para la recolección de grupos concretos. Una vez estudiado se ingresó en las colecciones del Museo Nacional de Ciencias Naturales. La colección de entomología experimentó una mejora cualitativa importante al ser revisado taxonómicamente, actualizado y ordenado la mayor parte del material existente de los grupos estudiados en el proyecto. En ecosistemas marinos se efectuó la campaña oceanográfica Fauna II en las costas cantábricas.